前財團法人馬英九基金會執行長、國民黨副主席蕭旭岑遭基金會多次發布聲明指控其違反財政紀律，更切割其與基金會的關係。蕭旭岑今（21）天接受廣播專訪表示，這件事確實已傷害兩岸關係，並稱基金會為何要停止所有的兩岸交流活動？對此，馬英九基金會執行長戴遐齡說，待財政紀律案結束後，就會繼續進行兩岸交流活動。

馬英九基金會指出，有些媒體報導該基金會因為近期的財政紀律案，讓兩岸交流工作受到衝擊、中斷，與事實不符。

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馬英九基金會表示，馬英九董事長認為兩岸交流非常重要，在九二共識的基礎上，這幾年多次推動兩岸青年交流與互訪，已建立穩定的基礎。戴遐齡條更強調，待財政紀律案結束後，兩岸交流就會繼續進行。

另馬英九文教基金會下午再度發布聲明指出，馬英九基金會董事三人調查小組已於今日下午完成約談第一位該會人員。對於約談事宜，該會一直全力配合，從未有任何人杯葛調查。